Až do počátku 16. století byly Filipíny rozdrobeny na řadu lokálních knížectví. V roce 1521 pro Evropu ostrovy objevil Fernão de Magalhães a v roce 1565 se ostrovy staly španělskou kolonií. Tou byly až do 19. století, kdy zde začaly sílit snahy o nezávislost a proběhlo několik ozbrojených povstání, která však byla potlačena.
V roce 1901 Filipíny převzali Američané, vítězové španělsko-americké války z roku 1898. Země se statusem dominia (podobně jako Portoriko) byla postupně připravována na nezávislost. Tento proces však přerušilo běsnění druhé světové války, kdy Filipíny byly bezohledně anektovány Japonci. Jejich nadvláda nad ostrovy trvala až do roku 1945, kdy byla země po krvavých bojích o Manilu osvobozena americkou armádou.
V roce 1946 získaly Filipíny nezávislost, avšak v roce 1966 se po puči chopil moci Američany podporovaný diktátor Ferdinand Marcos.
U kormidla se udržel až do roku 1986.
Od té doby je na Filipínách parlamentní demokracie a hlavou státu je volený prezident. Horkou půdou byly Filipíny zejména v 70. a 80. letech, kdy probíhaly kruté boje mezi vládou a muslimskou teroristickou organizací Fronta islámského osvobození Morů se základnou na ostrově Mindanao.
