V době palácové dochází ke střídání rozvoje minojské kultury a stavby palácových komplexů s náhlým úpadkem a ničením stavebních děl. Následně se Kréta opět stává obchodní a kulturní velmocí a počet obyvatel stoupá až na 250 tisíc. Nedlouho poté probíhá invaze Mykéňanů a minojská kultura, proslavená tzv. Mínójovým labyrintem, upadá.
V 9. století před naším letopočtem obsazují celý ostrov Dórové. Brzy vznikají spolky měst, které navzájem tvrdě soupeří o nadvládu. Z této vzdálené doby také pochází proslavený, do kamene vytesaný zákoník z města Gortys.
Po dobytí Římany se právě Gortys stává hlavním provinčním městem a v novém tisíciletí po příchodu apoštola Pavla též centrem křesťanské Kréty. Roku 359 n. l. se ostrov s rozdělením Římské říše stává součástí Říše východořímské. V roce 856 se jej zmocňují Arabové a podrobují si křesťanské obyvatele. Generál Nikefóros Fokas však Krétu roku 961 dobývá zpět a začíná období velkého rozkvětu a prosperity.
Poté, co se v roce 1204 ostrov stává majetkem absolutisticky vládnoucí Benátské republiky, vzniká krétský odboj. Až když se výrazně zvyšuje nebezpečí útoku Turků, uzavírají Benátčané dohodu s obyvateli ostrova a nastává krátké období „krétské renesance“.
Roku 1645 však Osmané dobývají Chanii a po dlouholetém obléhání i Candii (dnešní Héraklion). Turecká nadvláda trvá téměř tři století a po celou dobu dochází k povstáním za svobodu. Za nejkrvavější z nich se považuje povstání Daskalojánnise ve Sfakii. Až události v klášteře Arkadi, kdy povstalci v obležení přesily Turků sami sebe vyhodí do povětří, doženou evropské mocnosti k tomu, aby roku 1889 konečně přinutily tureckou armádu k odchodu.
Ostrov získává autonomii, zůstává však pod suverenitou Osmanské říše. Rozhodující se stala revoluce v roce 1906 pod vedením Elefthériose Venizélose, který se zasloužil o sjednocení Kréty s Řeckem o 7 let později. V letech 1922 až 1923 se 34 tisíc řeckých obyvatel, žijících po tisíce let v oblasti Malé Asie, stěhuje na Krétu, současně opouští ostrov 22 tisíc muslimských Kréťanů. Od té doby sdílí Kréta osudy řeckého státu.
