Z dějepisu Lefkady, z hlediska dochovaných pramenů, se zachovalo minimum informací. O dalším významném historickém milníku pojednává až zpráva ze 13. století týkající se výstavby pevnosti Santa Maura. V tomto období Lefkada podléhala nadvládě italského klanu Orsini.
V polovině 14. století už je ale vystřídali francouzští rytíři a z ostrovanů udělali otroky. Památku na ně tvoří k hradu přistavěný kostel Aghia Mavra, což bylo zároveň označení pro celý ostrov.
Netrvalo dlouho a v roce 1362 se k moci dostala původem benátská rodina De Tocci. Poměry na ostrově se změnily, Lefkada vzkvétala a tolerovala se i svobodná volba náboženského vyznání. Toto šťastné období vzalo za své okolo roku 1479, kdy ostrov obsadili Turci.
Pustošení, zabíjení, zotročení, bída a pirátství. Tak by se dalo pár slovy popsat to, čím si v tomto období museli obyvatelé ostrova pod Osmanskou říší projít. Ke změně došlo až za téměř 200 let, kdy se na Lefkadu vrátili Benátčané. Blahobyt ostrovanů se tím ale zlepšil minimálně.
Před koncem 18. století se Jónské ostrovy dostaly pod správu Ruska. Následující období se neslo ve znamení střídání vlád. Oblast postupně patřila Turecku, následně Francii a nakonec Velké Británii. V roce 1815 vyhlásily ostrovy samostatnost, stále ale pod protektorátem Britů.
Až za dalších 50 let, roku 1864, se Lefkada konečně připojila k Řecku, trvalo ale ještě více než 100 let, než definitivně skončil vojenský režim.
