V zemi s tak ohromnou rozlohou pochopitelně kromě státních aerolinek Garuda Indonesia existuje celá řada soukromých přepravců zajišťujících spojení mezi hlavními městy jednotlivých provincií. Letenku lze zakoupit v centrálním elektronickém systému nebo přímo na letištích.
Celistvá vlaková doprava existuje pouze na ostrově Jáva, jen jednu železniční trať má Sumatra. Železnice nejsou příliš udržované a vlaky mívají i několikahodinová zpoždění.
Mimo motorky a automobily se po Indonésii cestuje nejlépe především autobusy a mikrobusy, které jezdí téměř po všech ostrovech. Vyšší třída autobusů má většinou pevné zastávky a je možná i rezervace místa. Autobusy nižší ekonomické třídy zastavují pouze na znamení. Mikrobusy se dají objednat v hotelových recepcích a slouží k individuální přepravě turistů.
Infrastruktura je velmi zaostalá, mimo hlavní ostrov Jáva se silniční síť nachází v žalostném stavu. Vozovky jsou špatně udržované a jen 59 procent z nich má asfaltový povrch.
Nejpopulárnějším dopravním prostředkem jsou na Indonésii motorky a auta, hojně využívaná v podobě klasických taxíků.
V turistických centrech je rovněž možno přepravovat se becakem, což je jakási obdoba rikši, tedy jedno až dvoumístné vozítko tažené člověkem. Motorizovaný becak se nazývá bajaj, mototaxi se tu říká ojek.
Mezi ostrovy existuje rozsáhlá síť lodní dopravy.
A ještě malé upozornění. V Indonésii se jezdí vlevo. Pravidla silničního provozu zde nejsou příliš dodržována, řízení proto často bývá traumatizujícím, ba až nebezpečným zážitkem. Ve velkých městech jsou na denním pořádku mohutné zácpy.
