Nejstarší stopy osídlení Kolumbie se datují do období před 20 tisíci lety. Původní domorodé obyvatelstvo sem začalo hromadně migrovat kolem roku 10 500 před naším letopočtem a vytvořilo prapůvodní indiánské civilizace jako Tairona, Muisca a Quimbaya. Poté oblast ovládali Inkové a Karibové.
Noha Evropana, španělského conquistadora Alfonso de Ojedy, sem poprvé vkročila roku 1499. Španělé následně zcela rozvrátili říši Muisků a ještě v první polovině 16. století založili významná města Santa Maria, Cartagena a Bogota.
V roce 1717 vznikla spojením Kolumbie, Ekvádoru, Venezuely a Panamy španělská država Nová Granada, v níž však rychle a silně rostla nenávist původního obyvatelstva proti španělskému útlaku. Situace gradovala koncem 18. století do řady protišpanělských povstání, vrcholících porážkou Španělů roku 1819 v bitvě u Boyacá vojsky národního hrdiny Simóna Bolívara.
Na území Nové Granady vznikla Velká Kolumbie v čele s Bolívarem. Brzy se však rozpadla zpět na Novou Granadu (Kolumbie a Panama) a nezávislou Venezuelu a Ekvádor. V roce 1903 se na popud USA odtrhla Panama (a byl vybudován Panamský průplav).
Již od počátku 20. století trvají na území Kolumbie ozbrojené konflikty mezi pravicovými a levicovými extrémisty, jejichž důsledky v podobě guerillových válek přetrvávají prakticky dodnes. Konflikty však pozvolna ustávají a v posledních letech se vládě podařilo uzavřít s povstalci příměří a situaci alespoň trochu stabilizovat. Stejně úspěšná je i ofenzíva proti drogovým kartelům.
