Zvířecím symbolem a jedinečným druhem, žijícím výhradně na Madagaskaru, jsou roztomilé poloopice lemuři. Napočítáte jich zde kolem 50 druhů. Lemury ve volné přírodě spatříte zejména v národním parku Ranomafana, pyšnícím se na rozloze 40 tisíc hektarů nádherným územím říček a potůčků. V jeho lesích se ukrývá 15 druhů lemurů včetně vzácných lemura rudobřichého a miniaturního lemura myšího. Uvidíte zde též přes 100 druhů ptáků včetně 36 endemických.
Dalším fantastickým místem s lemury je horský národní park Montagne d´Ambre. Mimo nich ve zdejších deštných pralesích natrefíte na rozmanité druhy žab a ještěrek včetně chameleonů či gekonů. Potuluje se tu i jediná ostrovní šelma fosa madagaskarská, připomínající psa kříženého s velkou kočkou. Ternek je savec podobný ježkovi.
Na východě země, v regionu Antsinanana, leží šestice národních parků s deštnými pralesy, chráněná organizací UNESCO. Jedná se o rezervace Andringitra, Ranomafana, Andohahela, Zahamena, Masoala a Marojejy. Roste v nich 6 z celkových 8 světových druhů prastarých baobabů. Vzácné mangrovové porosty se táhnou v brakických vodách podél nejdelší madagaskarské řeky Betsiboka.
Asi nejproslulejším národním parkem na ostrově je Tsingy de Bemaraha, honosící se unikátním skalnatým lesem rudých kamenných útvarů Red Tsingy. Celkově na Madagaskaru můžete zpozorovat přes 200 druhů ptáků, 30 druhů primátů, 260 druhů plazů, 150 druhů žab a kolem 300 druhů pestrobarevných motýlů.
