První osídlení oblasti se datuje do období před 2 tisíci lety, kdy se na ostrov po moři dostali lidé z Indonésie a Východní Afriky. Během staletí vytvořili smíšenou rasu Malgaši, dominující dnešní demografické situaci Madagaskaru. Před 900 lety připluli první arabští obchodníci a v 11. století založili sultanát.
Ve 13. století vznikl ve vnitrozemí kmenový stát Imerina. Přetrval až do konce pozdější francouzské nadvlády a dnes se tak jmenuje i centrální provincie země.
Pro Evropu objevil ostrov v roce 1500 portugalský mořeplavec Diogo Dias. Poté se jej pokoušeli neúspěšně kolonizovat Španělé, Portugalci, Holanďané i Francouzi, kteří své snahy vzdali pro nebývale silný odpor místních obyvatel. Od 17. století byly ojedinělé pobřežní enklávy využívány Evropany jako základny pro obchodní cesty do Indie.
V roce 1810 přišli na Madagaskar šířit křesťanství angličtí misionáři. Po smrti krále Radamy je však jeho vdova krutě pronásledovala a na ostrově zavládl teror. První úspěšná kolonizace ostrova tak proběhla roku 1883, kdy jej zcela obsadila Francie. V letech 1918 a 1947 proběhla dvě krvavá a neúspěšná protifrancouzská povstání.
Nezávislý Madagaskar se zrodil až 24. července 1960.
O 15 let později zemi ovládl diktátor Didier Ratsiraka, který ji nakonec téměř přivedl k ekonomickému kolapsu. Další prezident Marc Ravalomanana se brzy stal nejbohatším mužem ostrova, vytvořil zde vlastní obchodní impérium, avšak zároveň zajistil výrazný ekonomický růst Madagaskaru.
