Vzhledem k tomu, že Filipíny leží v tropickém klimatickém pásmu, panují zde po celý rok parna doprovázená vysokou vlhkostí vzduchu. Od listopadu do dubna tu počasí ovlivňují severovýchodní monzuny, po zbytek roku monzuny jihozápadní.
Deště a tajfuny jsou časté zejména v období říjen až leden (nejvíce pak listopad a prosinec), s čímž souvisí i častější srážky. Není to ovšem pravidlo, měsíce, které platí za deštivé, mohou být naopak slunečné. Teplota vody se průměrně pohybuje mezi 23 až 28 stupni.
Filipíny leží v tak zvaném cirkumpacifickém ohnivém prstenci a je zde velmi častá tektonická aktivita v podobě mírných zemětřesení a rovněž se tu nachází několik stále činných vulkánů, které však v současnosti nepředstavují pro cestovatele vážnější nebezpečí.
