Prvními obyvateli Fuerteventury byli zřejmě kromaňonci ze severního Alžírska. Začátkem doby bronzové objevili ostrov kmeny z oblastí Středozemního moře. Obě rasy se v průběhu dalších let smísily a tím vzniklo etnikum známé dnes jako Guančové, první obyvatelé Kanárského souostroví.
Jak se praobyvatelé dostali na Kanárské ostrovy, to je dosud záhadou. Podle výpovědí prvních Evropanů, kteří k ostrovům dopluli, neměli Guančové mořeplavecké znalosti, ani žádná plavidla.
První obyvatelé Fuerteventury si tehdy říkali Majos nebo Mahos (Maho = země). Španělé si toto označení, používané dodnes, později upravili na Majoreros, naopak původní označení ostrova „Herbania“ již dávno vymizelo.
Na konci 14. století dobyl ostrov Jean de Béthencourt. Vládci ostrova Guize a Ayoze se mu vzdali roku 1402 a přijali křesťanskou víru. Domorodci se rychle smísili s osadníky z Normandie, Gaskoňska a zejména z Andalusie. Bylo založeno město Betancuria a z ostrova se začala stávat prosperující oblast.
Éra invazí obchodníků s otroky na Fuerteventuru vyvrcholila na konci 16. století, kdy pirát Arráez ostrov vyplenil, zapálil celé vesnice včetně metropole a zajal většinu obyvatelstva. Následná intenzivní těžba dřeva a nadměrné využívání půdy rychle vedlo k vysušení vodních pramenů a erozi. Kvůli dlouhým suchům a rozmnožení sarančat se ostrov zakrátko dostal na pokraj hospodářské krize.
Hladomory v 19. století donutily obyvatele k opuštění ostrova. Jejich novým domovem se staly okolní ostrovy a mladé státy Latinské Ameriky jako Mexiko, Venezuela, Kuba nebo Brazílie.
Období po druhé světové válce se neslo ve znamení rozvoje obchodu. Obyvatelstvo se stěhovalo z tradičních obcí na pobřeží a stavěla se přístavní města. Vznikl i přístav Gran Tarajal, z něhož se vyváží zdejší tradiční plodina rajčata.
Dnes je pro ostrov nejdůležitější turistický ruch.
