Velká rozloha a rozličné klimatické podmínky Kolumbie se podílejí na vysoké biodiverzitě zdejší přírody. K místům s největším výskytem endemických živočichů se řadí především národní park Amacayacu v povodí Amazonky, údolí Corrona a téměř pohádkový tichomořský ostrov Gorgona. Nezapomenutelná panoramata nabízejí vysokohorské národní parky Los Katíos a Tayrona (v pohoří Sierra Nevada).
Skutečným klenotem je přírodní park Malpelo kolem stejnojmenného sopečného ostrůvku v Tichém oceánu asi 500 kilometrů od pobřeží. Tato izolovaná lokalita na seznamu světového přírodního dědictví UNESCO oplývá neuvěřitelným množstvím jedinečné mořské fauny. Mezi překrásnými korálovými útesy tu narazíte například na žraloky velrybí, murény či barakudy.
Další velké kolumbijské národní parky (rozloha v kilometrech čtverečních):
Kolumbie se díky 30 tisícům rostlinných druhů řadí k botanicky nejrozmanitějším zemím světa. Setkáte se zde se zástupci vysokohorské flóry, s rostlinstvem mírného klimatického pásu, s pouštními biotopy i s typickou květenou amazonského deštného pralesa.
V kolumbijské přírodě žije na 1 800 druhů ptáků, jimž bezesporu vévodí kondor andský nebo jedinečné druhy tukanů. Ze 465 dokumentovaných druhů savců jsou nejvzácnější a nejohroženější zejména medvěd brýlatý, kočkovitá šelma jaguarundi, kapustňák širokonosý, lenochod hoffmanův a celá řada unikátních druhů opic. Nechybí ani pestrá škála plazů, obojživelníků, hmyzu a mořské fauny.
