První významnou civilizaci Peloponésu představovala mykénská kultura v 16. až 12. století př. n. l. Po jejím zániku a několika staletích neklidu území osídlily dórské kmeny, jejichž hlavním městem se stala Sparta v Lakónii. Postupně díky svému militarismu ovládla i Messénii a stala jednou z nejdůležitějších řeckých obcí. K dalším regionům patřila horská a prostá Arkádie, nenápadná Achaja či bohatý Korint.
Významným mezníkem v celých řeckých dějinách se stal rok 776 př. n. l., kdy se (podle nedoložených údajů) v peloponéské osadě Olympia uskutečnily první olympijské hry. Toto datum (přesně 8. 7.) se tehdy také považovalo za počátek letopočtu. Legendy vyprávěly, že za vznikem olympiád stáli velcí hrdinové jako neporazitelný Héraklés a Pelops, syn Tantalův.
Olympijské hry se konaly pravidelně každé 4 roky, upevňovaly národní jednotu Řeků a rozvíjely obchodní aktivity. Jejich součástí byly především atletické soutěže a platila během nich tzv. ekecheira (svatý mír), přerušení všech bojů a konfliktů mezi jednotlivými obcemi.
Mezitím se Sparta stala vůdčí obcí celého Řecka, neboť v peloponéské válce (431-404 př. n. l.) porazila Atény, se kterými předtím stála na stejné straně ve vítězném boji proti Peršanům. Sparta však neustála nápor Makedonie a nakonec se roku 146 př. n. l. Řecko stalo římskou provincii.
Vrchol starověkých olympijských her přišel v roce 67 za účasti římského císaře Nerona. S rozmachem křesťanství ovšem význam akce, jako pohanských slavností, postupně upadal, až je v roce 393 císař Theodosius zakázal. Na své znovuvzkříšení si musely počkat plných 1 503 let – jistě se o to zasloužilo i odkrytí ruin antické Olympie německými archeology v 70. letech 19. století.
Po zániku Římské říše se o vliv na Peloponéském poloostrově postupně vystřídala Byzantská říše, Benátská republika a Osmanská říše. O vlivu Franků svědčí mohutná pevnost Chlemoutsi (Castel Tornese), kterou vystavěl roku 1220 Geoffroi II. de Villehardouin ke kontrole provincie Achaja.
Nezávislost na Turecku získal Peloponés v rámci rodícího se řeckého státu roku 1821. Prapor osvobozeneckého úsilí tehdy pozvedl patraský metropolita Germanos v klášteru Agias Lavras blízko Kalavryty. Za tehdejších bojů prý rek Miralis prchl na koni před nepřátelskými vojáky skokem do moře v místech dnešního kostela Panagia Trypiti v Egiu.
V letech 1941 až 1944 byl Peloponés, stejně jako celé Řecko, obsazen nacistickým Německem. Památku na toto temné období peloponéských dějin tvoří horské městečko Kalavryta, které fašisté 13. 12. 1943 za pomoc partyzánům vypálili a přes 1 400 mužů zavraždili.
